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Equation d'inactivité
by Charlotte Sève 11 May '20

11 May '20

Re, J'ai rentré une équation d'inactivité qui a exactement la même forme que sur le site de ISIS fish, et pourtant je n'arrive pas à vérifier l'équation. Il y a 12 erreurs similaires de ce type : "Syntax error on token ")", ) expected after this token" Voici l'équation que j'ai entrée: Date date = context.getSimulationControl().getDate(); if(Month.JANUARY.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.FEBRUARY.equals(date.getMonth()) { return 11.0;} else if(Month.MARCH.equals(date.getMonth()) { return 15.0;} else if(Month.APRIL.equals(date.getMonth()) { return 12.0;} else if(Month.MAY.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.JUNE.equals(date.getMonth()) { return 12.0;} else if(Month.JULY.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.AUGUST.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.SEPTEMBER.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.OCTOBER.equals(date.getMonth()) { return 18.0;} else if(Month.NOVEMBER.equals(date.getMonth()) { return 18.0;} else if(Month.DECEMBER.equals(date.getMonth()) { return 18.0;} Si quelqu'un a une petite idée... Merci et bonne soirée ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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acces a la matrice de recruitment d'une pop depuis l'equation de recruitment d'une autre pop
by slehuta 07 May '20

07 May '20

Hello question tordue : J aurais besoin depuis l'équation de recruitment de ma pop1, de recupérer la matrice "result" de pop2, accessible dans l'equation de recruitment pop2 (Matrice(step) [nombre d'oeufs,zone recru] apres connectivité + gap + etalement + mortalité). Est ce possible ? j ai eu un bon plantage avec popMonitor(step, pop2).getRecruitment(). A ce propos, je code de getRecruitment est hardu, je n'ai pas su dire si cela applique aussi l'équation de recruitment ou si ca produit seulement le "result" rendu dispo dans l'equation de recrutement ? Merci Sigrid

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Changement de la version de Java requise (Java 11)
by Eric Chatellier 21 Apr '20

21 Apr '20

Bonjour, Actuellement, ISIS-Fish nécessite d'utiliser au minimum la version 8 de Java pour fonctionner. Cette version n'est plus maintenue et doit être mise à jour. Les versions 4.4.4.x d'ISIS-Fish fonctionnent sur les versions allant de Java 8 à Java 14. Vous pouvez donc dès à présent utiliser une version plus récente de Java. Dans la prochaine version majeure d'ISIS-Fish (4.5), nous allons changer la version minimum de Java requise vers Java 11. Java 11 est la version LTS (Long Term Support), mais vous pouvez également utiliser les versions plus récentes (actuellement 14). -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] mortalité naturelle ds ISIS
by slehuta 15 Apr '20

15 Apr '20

Bonjour, La mortalité est bien en année -1 pour les groupes 0 et + et également pour les prérecutés dans le modèle (martalité du group null) (https://gitlab.nuiton.org/ifremer/isis-fish/blob/master/src/main/java/fr/if… ligne 230) Sigrid Le 2020-04-15 12:24, Dominique PELLETIER a écrit : > Salut Stéph et Sigrid ! > > Vous allez toujours bien, j'espère! > > On bosse avec Adrian sur le modèle Rade de Toulon, çà avance bien, le modele est essentiellement dynpop et habitat > > pas de pêche! > > Pouvez-vous me dire ds quelle unité la mortalité naturelle est à saisir ds ISIS ? > > Je suis restée sur un coeff en an-1 pour les stades post-recrutés > > Mais je voudrais confirmation pour: > > *mortalité oeufs-larves > > *mortalité juvénile (groupe-0) si cela diffère des autres stades post-recrutés > > Merci par avance > > Dominique

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Mar '20

31 Mar '20

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] Datarmor : usage des noeuds de login
by slehuta 25 Mar '20

25 Mar '20

Bonjour, je lance des simulation ISIS-Fish sur datarmor en utilisant la configuration habituelle qui normalement ne pose pas probleme. Je transmet le message à code lutin car je ne comprends pas ce que vous demandez. Avez vous interompu mes jobs? Eric, vaut il mieux que je configure les lancements datarmor pour utiliser le isis-database-4 sur mon datawork plutot qu en local ? Merci Le 2020-03-22 12:11, Denis Croizé-Fillon a écrit : > Bonjour, > > Merci de ne pas faire de transfert (rsync cp scp ...) via les noeuds de login : > > Pour les échanges avec l'extérieur : > - un accès ftp est possible à votre repertoire scratch : /home1/scratch/slehuta/eftp qui correspond au répertoire scratch une fois connecter en ftp sur eftp.ifremer.fr avec login et password extranet > - un échange via la queue ftp est possible : /appli/services/exemples/pbs/ftp.pbs > > Pour des échanges importants au sein des espaces de stockage de datarmor : lancer un job en interactif sur sequentiel et réaliser le traitement. Voici un exemple pour 1h avec 10 Go de mémoire réservé > > qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=10gb -l walltime=01:00:00 > > Pour les questions sur l'usage de la machine : assistance(a)ifremer.fr > > Denis

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Calcul du nombre d'oeufs produits - boucle sur les groupes
by BACH Adrian 20 Mar '20

20 Mar '20

Bonsoir, J’espère que votre confinement se passe bien ! Une petite question java : je voudrais calculer le nombre d’œufs produits pendant la période de fraye d’un seul mois sur une seule zone de pop avec le calcul suivant (champ ‘équation de reproduction’ dans le panneau ‘Reproductions’) // nombre d'oeufs produits = somme sur les groupes 4 à 7 du calcul sexRatio*fecondite*[nombre de poissons dans le groupe]*[leur poids] Je suis complètement nouveau en java donc je ne sais trop comment obtenir les valeurs entre crochets, mais je pensais à un truc comme ça : //double prodOeufs = 0; // //for(PopulationGroup g : pop.getPopulationGroup().get()){ // if (g < 4) { // return 0; // } else { // double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); // prodOeufs = prodOeufs + res; // } //} //return prodOeufs; Mais j’obtiens les erreurs suivantes : 1. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 23) if (g < 4) { ^^^^^ The operator < is undefined for the argument type(s) PopulationGroup, int ---------- 2. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3 problems (3 errors) Pourriez-vous me donner un petit coup de main ou partager un script faisant sensiblement le même calcul ? Merci et bonne soirée, Adrian ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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creation de listes
by Sigrid LEHUTA 10 Mar '20

10 Mar '20

Mon ignorance de java me bloque... :-( Je veux creer des listes de doubles ou int, de taille connue et initialisées à 0 (ou autre) pour eviter les problemes quand un element est appelé la premiere fois. J ai tenté : double[] tabAbGroup = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}; List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); 21. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\HCR_transition_MSY_newTACcomput_SoleSMAC.java (at line 272) List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); Comment faut il reelement faire ? Merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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v4.4.4.1 ne s'ouvre pas
by Stephanie MAHEVAS 06 Mar '20

06 Mar '20

Bonjour Eric je n'arrive pas non plus à ouvrir ISIS v4.4.4.1. j'ai l'impression que cela vient d'un pb de synchronisation (svn) entre isis-fish-4 et isis-fish-4-copie (copie faite avant l'ouverture de la v4.4.4.0) ... car mon isis-fish-4 etait vide (depuis ta derniere manip sur mon ordi) et il est plein sans que je n'ai eu le temps de copier les simus ou quoi que ce soit... Et je ne comprends pas pourquoi/comment il pourrait y avoir des synchro entre ces deux repertoires. C'est embetant ces bases qui sont corrompues sans qu'on ne comprenne pourquoi et qui necessitent des manipulations pas très robustes. Tu peux voir d'ou vient le probleme ? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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lancement simu sur datarmor
by Sigrid LEHUTA 06 Mar '20

06 Mar '20

J'ai lancé un plan sur datarmor. j avais testé la config c etait ok. Il a crée 2simus sur 81 dont le status est bloqué à "Connexion à datarmor" puis pause... helas le debug est trop gros pour etre ouvert (j ai lancé un autre plan en local...) Comment savoir ce qui ne va pas ? en pj la copie d ecran de config et fenetre de lancement merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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