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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '16

31 Dec '16

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Rencontres annuelles ISIS 5/12/2016
by Stephanie MAHEVAS 02 Dec '16

02 Dec '16

Bonsoir lundi, nous démarrerons à 9h. 9h-11h en salle de visio 2 pour discuter des nouveautés (Benjamin 1h) puis des cas d'étude (Audric, Stephanie, Sigrid, Marianela, 1h). Pour les cas d'etude l'objectif est de mettre tout le monde au courant des avancees et des projets 2017 soit 10' chacun 11h-13h salle de reunion pour discuter des aspects plus techniques 14h-16h on continue sur les aspects techniques 16h-17h projets - sous bon we et à lundi Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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A tous les users : Faites remonter vos bugs URGENT
by Sigrid Lehuta 30 Nov '16

30 Nov '16

Hello, Benjamin sera à l'Ifremer demain pour faire un point sur les bugs en preparation des journées ISIS de décembre. Merci de faire vos reports de bugs et demandes d'amélioration avant demain matin. Sigrid

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Javadoc Nuiton-j2r
by Audric Vigier 28 Nov '16

28 Nov '16

Bonjour, Le lien de la javadoc nuiton-j2r est mort sur le site ISIS, et je ne la retrouve pas sur Internet. Quand je cherche de la doc sur REngine, je tombe sur la doc org.rosuda.REngine.REngine, pas celle de nuiton. Je dois faire avec ce nouveau REngine (rosuda), ou continuer avec l'ancien (que j'utilise en reprenant de vieux scripts de règle ISIS-XSA.... et qui ne marche qu'à moitié d'ailleurs)? Bonne soirée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Re: [Isis-fish-users] Javadoc Nuiton-j2r
by Audric Vigier 28 Nov '16

28 Nov '16

Merci Youen, mais le script utilise globalement les mêmes choses que ce que tu m'avais refilé. J'ai changé de librairie, je suis passé à org.rosuda.REngine. et org.rosuda.JRI , et j'ai enfin quelque chose qui est capable de lire un script R, malgré la doc calamiteuse de ces librairies. Le mieux serait que j'en parle à la prochaine réunion, script java à l'appui (à laisser en exemple sur le site ISIS?). Le 25/11/2016 17:59, Youen VERMARD a écrit : > j ai retrouvé ce script > > peut etre mieux? > > Désolé pas trop le temps de regarder... > > Youen > > Le 25/11/2016 16:47, Audric Vigier a écrit : >> Bonjour, >> >> Le lien de la javadoc nuiton-j2r est mort sur le site ISIS, et je ne la >> retrouve pas sur Internet. >> Quand je cherche de la doc sur REngine, je tombe sur la doc >> org.rosuda.REngine.REngine, pas celle de nuiton. Je dois faire avec ce >> nouveau REngine (rosuda), ou continuer avec l'ancien (que j'utilise en >> reprenant de vieux scripts de règle ISIS-XSA.... et qui ne marche qu'à >> moitié d'ailleurs)? >> >> Bonne soirée, >> >> Audric >> -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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reunion annuelle des utilisateurs-developpeurs ISIS
by smahevas 28 Nov '16

28 Nov '16

Bonjour nous avons prévu de nous réunir lundi 5 décembre prochain (salle de visio 2). Pouvez vous AVANT MERCREDI 30 NOVEMBRE * confirmer votre presence via le doodle [1] (http://doodle.com/poll/b957a5rhcm2rxkxh) pour faciliter l'organisation (au choix à Nantes ou en Visio) * par mail, preciser si vous souhaitez presenter quelque chose (question, application, nouveaux developpements, projet,...) ? L'organisation sera semblable à celle des années precedentes : Nouveaux développements et questions autour des développements (Code Lutin) Applications : oùen est-on fin 2016 et que va t-il se passer en 2017? Futurs projets Futurs développements Bonne journée Stephanie Links: ------ [1] http://doodle.com/poll/b957a5rhcm2rxkxh

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Pb utilisation règles V4.4.0.2
by Audric Vigier 24 Nov '16

24 Nov '16

Bonjour, Je suis sur une simu ou je souhaite calculer pour chaque pas de temps des rejets de merlu. Pour le calcul de ces rejets, j'utilise une règle Ogive_de_Tri_Merlu.java du VCS Community. Je remarque dans les exports que les rejets ne sont calculés que pour le pas de temps 0.... or j'ai bien appliqué la règle pour toute la durée de la simulation (paramètres de la règles : de janvier 0 à décembre 0). Ces rejets calculés sont bien "dus" à la règle, car sans la règle, pas de rejets. Donc, ISIS-Fish utilise la règle, mais pas comme je l'entends. Autre bizarrerie : cette règle est truffée de log.info, donc je devrais pouvoir retrouver leurs traces dans le debug. Or, ce n'est pas le cas : -soit j'ai mal paramétré ISIS et les log.info n'apparaissent pas dans le debug. Ce n'est pas le cas : quand j'utilise un vieux plan de simulation de mon stage, ses log.info apparaissent bien dans le debug / Quand dans les paramètres avancés je mets tous les niveaux de traçage en ERROR, toujours le même souci. - soit ISIS ne passe pas dans les parties du script contenant les log.info. Or, je me suis permis d'en rajouter dans l'init et le preAction, où il passe à chaque pas de temps, sans condition. Les log.info n'apparaissent toujours pas dans le debug. Bref, j'ai vraiment aucune idée de comment ISIS considère cette règle : on dirait qu'il ne l'utilise que pour un pas de temps, mais dans le debug tout se passe comme si ISIS n'avait pas utilisé la règle.... J'ai joint la simu. Bon après-midi, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Problème simulation ISIS 4.4.0.2
by Marianela PATACCINI ALVAREZ 21 Nov '16

21 Nov '16

Bonjour, J'ai un problème quand je lance une simulation avec ISIS. Le message d'erreur ainsi que le fichier properties et ma base de données sont en pièce jointe. Merci, Marianela

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null child not allowed
by Sigrid Lehuta 21 Nov '16

21 Nov '16

j'ai cette erreur au demarrage de isis 4.4.0.2 snapshot qu est ce que ca signifie ?. merci java.lang.NullPointerException: Null child not allowed at javax.swing.tree.TreePath.pathByAddingChild(TreePath.java:327) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.setParent(VariableHeightLayoutCache.java:1066) at javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode.insert(DefaultMutableTreeNode.java:187) at javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode.add(DefaultMutableTreeNode.java:411) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.expand(VariableHeightLayoutCache.java:1486) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache$TreeStateNode.expand(VariableHeightLayoutCache.java:1288) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache.rebuild(VariableHeightLayoutCache.java:743) at javax.swing.tree.VariableHeightLayoutCache.setModel(VariableHeightLayoutCache.java:109) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.setModel(BasicTreeUI.java:412) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.propertyChange(BasicTreeUI.java:3414) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(PropertyChangeSupport.java:335) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(PropertyChangeSupport.java:327) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(PropertyChangeSupport.java:263) at java.awt.Component.firePropertyChange(Component.java:8430) at javax.swing.JTree.setModel(JTree.java:882) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.$completeSetup(ScriptUI.java:1362) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.$initialize(ScriptUI.java:1480) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI. (ScriptUI.java:195) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:415) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI. (WelcomeTabUI.java:123) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeHandler.afterInit(WelcomeHandler.java:99) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$afterCompleteSetup(WelcomeUI.java:96) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$completeSetup(WelcomeUI.java:583) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:754) at fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI. (WelcomeUI.java:109) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish$3.run(IsisFish.java:719) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(InvocationEvent.java:311) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:756) at java.awt.EventQueue.access$500(EventQueue.java:97) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:709) at java.awt.EventQueue$3.run(EventQueue.java:703) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(ProtectionDomain.java:76) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:726) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:201) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:116) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:105) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:101) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:93) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:82)

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Config R dans ISIS
by Audric Vigier 21 Nov '16

21 Nov '16

Bonsoir, Je suis entrain de configurer ISIS 4.4.0.2 pour pouvoir appeler R dans ISIS. -Est-ce que ça sert à quelque chose que j'utilise Rserve? -Je suis la doc du site : j'ai un Java 1.8 64 bit et un R 3.2.2 64 bit. J'ai installé rJava, j'ai redéfini la variable d'environnement correctement (je suis malheureusement contraint de travailler sous Windows). Pourtant quand je teste la configuration R dans ISIS, ce n'est pas bon (le dernier champ est rouge avec le même message d'erreur que dans la doc du site ("Le path ne contient pas le dossier bin de R" ....alors qu'en fait si, ce répertoire existe bien)). Qu'est-ce que je dois faire d'autre pour que ça fonctionne? -Par ailleurs, quand j'utilise une première fois le bouton "tester" dans configuration de R, ISIS m'indique qu'il me manque deux librairies d'AS, alors que je les ai installées (sous R 3.2.2 64 bit). Il n'y a pas moyen d'enlever ces 2 warnings? Suite à ça, il y a bien un test. Par contre si je demande une deuxième fois, ISIS plante. Bon week-end Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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