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ISIS-Fish 4.0.0.0 est disponible !
by Eric Chatellier 02 Dec '11

02 Dec '11

Bonjour, La nouvelle version d'ISIS-Fish 4.0.0.0 est disponible. Vous pouvez désormais la télécharger à l'adresse suivante: http://forge.codelutin.com/attachments/download/220/isis-fish-4.0.0.0-bin.z… Changements ----------- Cette nouvelle version majeure d'ISIS-Fish apporte son lot de nouveautés et de corrections. Pour plus de détails sur les nouveautés, n'hésitez pas à consulter cette page: http://www.isis-fish.org/v4/user/changements40.html. Pour la liste complète des modifications, elle est disponible ici : http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/versions/85. La documentation est maintenant disponible sur un nouveau site, entièrement dédié à ISIS-Fish: http://www.isis-fish.org/. Migration --------- Les version V4 et V3 d'ISIS-Fish peuvent être lancées en même temps. Exportez depuis la V3 votre base et importez la dans la V4. Ouvrez la ensuite avec la V4. Cette ouverture de votre base va entraîner sa migration du format V3 à V4. Vous trouverez les informations nécessaires pour vous aider à migrer votre base sur la page: http://isis-fish.org/v4/user/migrationv3v4.html. Formation --------- Les nouveautés apportées par ISIS-Fish 4 seront abordées lors des journées de formation des 5 et 6 décembre. N'hésitez donc pas à installer ISIS-Fish et à migrer vos données avant cette date. Si vous avez des questions relatives à cette nouvelle version, l'équipe de développement d'ISIS-Fish sera là pour répondre à vos questions. Cordialement, -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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incompatible types
by Bastien Preuss 24 Nov '11

24 Nov '11

Il semble que mon premier message ait été bloqué : Bonjour, Dans un script jutilise le code suivant : List<Strategy> liststrat = L2.getSemantic(1); int[] indexStratagarder = new int[2]; for(Strategy s : liststrat){ if(s.getName().equals("PRO_Ligne_GN")) indexStratagarder [1] = listmet.indexOf(s); else if(s.getName().equals("PRO_Ligne_CS")) indexStratagarder [2] = listmet.indexOf(s); } Mais jobtiens lerreur suivante : Incompatible types found : java.util.List<capture#513 of ?> required : java.util.List<fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy> List<Strategy> listStrat = L2.getSementic(1); Jai pourtant bien fait le Import fr.ifremer.isisfish.entities.*; Du coup je ne vois pas doù vient lerreur. Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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incompatible types
by Bastien Preuss 21 Nov '11

21 Nov '11

Bonjour, Toujours pour la même chose, jai essayé dune autre manière : ArrayList<Integer> strate = new ArrayList<Integer>(); strate.add(2); strate.add(4); MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, strate).copy(); Mais jobtiens lerreur suivante : ERROR [pool-2-thread-2] (SimulationService.java:925) finished - Stop simulation plan, because can't call afterSimulation correctly on plan analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_Saumonee java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:[2, 4] in [PRO_Occasionnel, <5m_Paita_CHA, <5m_Paita_PALA, <5m_Nou_CHA, <5m_Nou_PALA, <5m_MtD_CHA, <5m_MtD_PALA, >5m_Paita_CHA, >5m_Paita_PALA, >5m_Nou_CHA, >5m_Nou_PALA, >5m_MtD_CHA, >5m_MtD_PALA, Corne_Sud, Nuit_<5_Paita, Nuit_>5m_Paita, Nuit_>5m_Nou, Nuit_>5m_MtD, Nuit_<5m_Nou, Nuit_<5m_MtD, PRO_Regulier] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:234) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getSubMatrix(AbstractMatrixND.java:7 49) at analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_Saumonee.afterSimulation(Calibr ationSimplexePasVariable2_Saumonee.java:441) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService$PrepareSimulationJo b.finished(SimulationService.java:922) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java: 251) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Bien que le message derreur soit clair, je narrive à résoudre ce problème. Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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actualisation valeur nb trajets
by Bastien Preuss 27 Oct '11

27 Oct '11

Bonjour, Juste pour signaler que lorsque lon modifie la valeur de la durée dune marée, le nombre de trajets ne sactualise pas dans longlet stratégie. Cette valeur est-elle alors correctement calculée dans les simu ? Il faut re-rentrer les valeurs de MinInactivity pour que lactualisation se fasse. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Ecart entre Obs et Simu après calibration
by Bastien Preuss 27 Oct '11

27 Oct '11

Ok, merci Stephanie et Sigrid pour ces précisions. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mercredi 26 octobre 2011 20:43 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Ecart entre Obs et Simu après calibration Hello, je n avais pas calcule les ecarts en %... c est tres subjectif tout ca... ca depend ce que tu optimises, combien de points etc. Pour la mortalite naturelle par exemple on avait carrement optimise les valeurs du taux de croissance de la population (tendance) plutot que celle de la biomasse point par point et la tu peux avoir un fit parfait. je m etais surtout assuree de la reproduction des patterns saisonniers et des tendances, de l absence de biais systematique, meme si les valeurs absolues etaient parfois un peu eloignees des observations. voici le papier en question (a ne pas diffuser stp) j espere que c est utile. La methode proposee dans le papier permet en tous cas d identifier les forces et faiblesses d une parametrisation. c est un peu l approche que tu as eu en identifiant les echelles auxquelles ca marche bien et celle ou c est moins satisfaisant. pragmatiquement si ca marche bien pour les trucs qui t interessent le + c est cool. pour les autres tu devras etre reserve sur les conclusions. je te recommande Sterman 1984 (pj) pour une bonne definition de "acceptable". Bises Quoting Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr>: > je ne me rappelle pas quels étaient les ordres de grandeurs Sigrid? > Youen? Benoit? Camille?... > mais dans tous les cas, je ne suis pas sure que cela soit un > indicateur très pertinent car si tu as un gros pics observés que tu ne > reproduis pas tu vas gonfler ton % alors que tout le reste sera nikel, > plus tu augmentent ton pas de temps, plus tu as de chance de gonfler > ton % ..... > steph > > Bastien Preuss a écrit : >> Oui j'ai déjà effectué la calibration de la manière que tu viens de >> décrire, et c'est en utilisant les meilleurs valeurs de q1 et q2 que >> j'obtiens ces écarts d'environs -15% sur la capture annuelle. >> Je me demandais juste si cela semblait correcte par rapport à ce qui >> est obtenu dans d'autres appli Isis. >> >> Bastien >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de >> Stephanie MAHEVAS Envoyé : mercredi 26 octobre 2011 18:27 À : >> isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] Ecart entre Obs et Simu après >> calibration >> >> Question délicate... >> La Palisse te dirait il faut que l'écart soit minimal.... c'est le >> principe de l'optimisation on cherche ici un minimum. Donc >> conditionnellement à ton modèle, tu prends la valeur de q qui >> minimise tes écarts entre obs et simulées. Il est clair que si tu >> changes ton critere en cours de calibration tu fausses l'algorithme. >> Il faudrait dans ce cas utiliser un algorithme d'optimisation >> multi-criteres, mais j'imagine que tu n'as pas le temps d'explorer >> cette piste. >> Donc pragmatiquement, il faut >> 1/ choisir une variable de sortie Y et critere Somme des ecarts au >> carré entre Yobs et Ysimulé, chercher la valeur de q qui minimise cet >> écart 2/ si plusieurs valeurs possibles, identifier d'autres Y (Y' et >> Y") de sortie d'ISIS pour lesquelles tu as des observations et >> confronter à nouveau tes Y'simu et Y"simu à Y'obs et Y"obs. Tu peux >> alors sélectionner la valeur de q qui te semble la plus >> satisfaisante. >> Pour plus de ref, Sigrid a un papier en cours de révision. Elle peut >> peut-etre te le transmettre??? >> bon courage >> stephanie >> >> Bastien Preuss a écrit : >> >>> Bonjour, >>> >>> Une petite questions pour ceux qui ont du recul sur leur(s) >>> application(s) Isis. >>> >>> Je me demande quel écart entre captures observées et captures >>> simulées est acceptable après calibration de la capturabilité. >>> >>> Dans mon cas, ma captures totale annuelle est de +15% par rapport à >>> ma capture observée qui me sert de référence. Bien sur, lorsque que >>> je regarde à un niveau plus fin, par exemple les captures par mois, >>> par stratégie, etc. cet écart varie, généralement entre +-1% et >>> +-97%. >>> >>> Merci. >>> >>> Bastien >>> >>> Bastien Preuss >>> >>> Doctorant (PhD Student) >>> >>> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >>> >>> 101 Promenade Roger Laroque >>> >>> BP A5 >>> >>> 98848 Noumea cedex >>> >>> New-Caledonia >>> >>> Tel: (+687) 260 723 >>> >>> P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de >>> n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ >>> >>> >>> -------------------------------------------------------------------- >>> ---- >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-users mailing list >>> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >>> >> >> > > -- > ...................................................................... > Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie > et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 > 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| > \ / |__ o _ \ o / o > /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ > / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ > ...................................................................... > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid Lehuta Post-doctorante, Institut de Recherche du Golfe du Maine, USA contact : + 1-207-228-1695 / slehuta(a)ifremer.fr / slehuta(a)gmri.org http://www.gmri.org/people/bio.asp?ID=344 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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Re: [Isis-fish-users] Ecart entre Obs et Simu après calibration
by Bastien Preuss 26 Oct '11

26 Oct '11

Oui j'ai déjà effectué la calibration de la manière que tu viens de décrire, et c'est en utilisant les meilleurs valeurs de q1 et q2 que j'obtiens ces écarts d'environs -15% sur la capture annuelle. Je me demandais juste si cela semblait correcte par rapport à ce qui est obtenu dans d'autres appli Isis. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : mercredi 26 octobre 2011 18:27 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Ecart entre Obs et Simu après calibration Question délicate... La Palisse te dirait il faut que l'écart soit minimal.... c'est le principe de l'optimisation on cherche ici un minimum. Donc conditionnellement à ton modèle, tu prends la valeur de q qui minimise tes écarts entre obs et simulées. Il est clair que si tu changes ton critere en cours de calibration tu fausses l'algorithme. Il faudrait dans ce cas utiliser un algorithme d'optimisation multi-criteres, mais j'imagine que tu n'as pas le temps d'explorer cette piste. Donc pragmatiquement, il faut 1/ choisir une variable de sortie Y et critere Somme des ecarts au carré entre Yobs et Ysimulé, chercher la valeur de q qui minimise cet écart 2/ si plusieurs valeurs possibles, identifier d'autres Y (Y' et Y") de sortie d'ISIS pour lesquelles tu as des observations et confronter à nouveau tes Y'simu et Y"simu à Y'obs et Y"obs. Tu peux alors sélectionner la valeur de q qui te semble la plus satisfaisante. Pour plus de ref, Sigrid a un papier en cours de révision. Elle peut peut-etre te le transmettre??? bon courage stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > > > Une petite questions pour ceux qui ont du recul sur leur(s) > application(s) Isis. > > > > Je me demande quel écart entre captures observées et captures simulées > est acceptable après calibration de la capturabilité. > > > > Dans mon cas, ma captures totale annuelle est de +15% par rapport à ma > capture observée qui me sert de référence. Bien sur, lorsque que je > regarde à un niveau plus fin, par exemple les captures par mois, par > stratégie, etc. cet écart varie, généralement entre +-1% et +-97%. > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Ecart entre Obs et Simu après calibration
by Bastien Preuss 26 Oct '11

26 Oct '11

Bonjour, Une petite questions pour ceux qui ont du recul sur leur(s) application(s) Isis. Je me demande quel écart entre captures observées et captures simulées est acceptable après calibration de la capturabilité. Dans mon cas, ma captures totale annuelle est de +15% par rapport à ma capture observée qui me sert de référence. Bien sur, lorsque que je regarde à un niveau plus fin, par exemple les captures par mois, par stratégie, etc. cet écart varie, généralement entre +-1% et +-97%. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Unité résultats captures
by Bastien Preuss 25 Oct '11

25 Oct '11

Ok. Merci pour cette précision. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie MAHEVAS Envoyé : mercredi 26 octobre 2011 00:36 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Unité résultats captures Salut tout est dans la meme unité, donnée par group.getMeanWeight() (en tout cas c'est ce que je vois dans SiMatrix pour Biomass, CatchWeight, DiscardsWeight), cela depend donc de ton equation (si elle est en g ou en kg) dans defaultSimulator je vois que Landing de MATRIX_LANDING_PER_MET est en nombre et pas en poids n'est-ce pas ca ton pb? stephanie Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Je nai pas trouvé dendroit où il serait précisé lunité de poids des > résultats « Landing » et « CatchWeight ». Il semble clairement quils > ne sont pas dans la même unité, il me semble que les « Landing » sont > en Kg alors que les « CatchWeight » sont en g. Quelquun peut-il > confirmer ? > > Dautre part, dans mon cas, je nest pas de rejet, or je constate > quen dehors du rapport de 1000 entre les « Landing » et de « > CatchWeight » les valeurs de résultats ne sont pas égales > > Comment cela se fait-il ? > > Merci. > > Bastien > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Unité résultats captures
by Bastien Preuss 25 Oct '11

25 Oct '11

Bonjour, Je nai pas trouvé dendroit où il serait précisé lunité de poids des résultats « Landing » et « CatchWeight ». Il semble clairement quils ne sont pas dans la même unité, il me semble que les « Landing » sont en Kg alors que les « CatchWeight » sont en g. Quelquun peut-il confirmer ? Dautre part, dans mon cas, je nest pas de rejet, or je constate quen dehors du rapport de 1000 entre les « Landing » et de « CatchWeight » les valeurs de résultats ne sont pas égales Comment cela se fait-il ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Résultats Captures
by Bastien Preuss 24 Oct '11

24 Oct '11

Bonjour, Pour mes simulations je souhaite regarder labondance de mon stock et les CatchWeightPerStrategyPerZoneMet. Je sélectionne donc ces 2 lignes dans longlet « Choix de résultats », mais pourtant je nai jamais les CatchWeight dans les résultats de mes simulations. Seules les abondances figurent parmi les résultats visualisables. Cela est-il normal ? Dautre part, jai voulu accéder à ces CatchWEight en passant par les exports, jai donc sélectionné « CapturesPoids » dans longlet « Export des résultats », mais là je ne peux pas choisir le chemin du dossier dexport comme cela est indiqué dans le manuel utilisateur. Et je ne retrouve pas le fichier correspondant. Y a_t_il une démarche particulière à suivre pour accéder à ces résultats ? Dans mon Debug, je nai aucun message derreur. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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